（二）中央公共财政预算的细化和执行方面
1.年初预算未全部细化落实到部门和地区。主要是：中央本级支出预算中，代编支出982.65亿元和据实结算政策性补贴等支出1027.89亿元未细化落实到部门及项目，占12%；发展改革委归口管理的中央本级基建支出，年初预算细化到位率仅为47%，未达到75%的要求；在批复的中央部门预算中，30个部门代编的85个项目支出预算874.5亿元（占45%）未细化，而是在执行中进行了二次分配；在转移支付预算中，有16309.69亿元（占50%）未细化落实到省区市，有8951.41亿元（占28%）未在全国人大审查批准后90日内下达。
2.个别投资计划安排不够合理。发展改革委在产业振兴和技术改造投资计划中，对不属于支持范围或未严格执行相关产业政策的6个项目安排投资2922万元，应重点支持的清洁生产技术等11个战略性新兴产业核心领域却未安排投资。
3.向一些项目安排的财政补助投资未达规定比例，且分配散、金额小。2011年，发展改革委安排25个省区市基层就业和社会保障服务设施建设试点投资中，有21个省区市获得的财政补助投资比例未达规定要求；安排中小企业技术改造专项的1903个项目中，有752个项目的财政补助投资占项目总投资的比例不足规定的一半，最低仅1%；将9.19亿元电子信息产业振兴和技术改造投资计划切块下达给279个项目，各项目财政补助投资比例最高达50%、最低仅0.7%，其中106个项目的补助比例低于规定标准，影响政策实施效果。
4.在执行中调整预算项目用途。2011年，财政部将义务教育转移支付预算中的“落实教育规划纲要补助经费”70亿元调整为高等教育支出；调整了17.28亿元中央财政代编预算的项目用途。
5.投资计划下达程序不规范。2011年，发展改革委未严格按规定程序下达投资计划468.37亿元，有13个投资专项没有专项发展规划、未事先编制工作方案或未批复资金申请报告，62个项目尚未批复可行性研究报告、初步设计或用地申请，3个项目存在以虚假资料申报或未通过专家评审等问题。
6.投资计划和预算下达时间滞后。按要求，投资计划下达和预算追加原则上应于9月30日前完成，部分特殊事项最迟不得超过12月20日。但2011年中央预算投资计划中，有149.54亿元（占4%）是9月30日后才下达的；追加的部门预算中，有592.64亿元（占36%）是9月30日后办理的，其中146.45亿元是12月20日后办理的；还有21个部门2010年决算是超过规定期限批复的。
7.部分预算执行率低。由于客观情况与年初预期差距较大，至2011年底中央本级代编和据实结算政策性补贴预算有22%未执行，形成结余结转资金447.18亿元；中央预算投资安排的6个项目进展缓慢，7000多万元财政资金闲置或滞留。去年审计指出中央财政养殖业保险保费补贴预算执行率低后，财政部2011年将此项预算从42.95亿元减至26.5亿元，但执行率仍仅为24.7%，比去年还低0.3个百分点，其中“育肥猪保险保费补贴”预算执行率为零。
（三）财政转移支付管理方面
1.一般性转移支付力度仍应加大。中央均衡性转移支付比地方财政2011年标准收支缺口少3935.67亿元，不利于缩小地区间财力差异；在2011年中央对地方一般性转移支付中，有123.41亿元指定了具体项目和用途。
2.专项转移支付管理制度不健全。2011年的287项专项转移支付中，有33项尚未制定管理办法；在已建立管理办法的254项中，有180项未建立绩效评价制度；在已建立绩效评价制度的74项中，有19项未将资金使用绩效作为分配依据。
3.部分专项转移支付未实现预期目标。抽查144户取得“淘汰落后产能奖励资金”的企业中，有45户虚假申报套取资金2.41亿元，13家未按规定淘汰落后产能；抽查35个已完工的金太阳示范工程补助项目，有10个建成即闲置，16个实际年发电量低于设计标准。
（四）中央政府性基金预算管理方面
1.基金预算代编规模偏大、执行率低。2011年，财政部代编中央本级基金预算396.27亿元，占本级基金预算的16%，当年实际执行不足50%；补助地方基金预算也有27%未执行。
2.执行中改变了预算级次。2011年，财政部将17.36亿元中央本级基金预算下划为对地方的转移支付；将原列入地方转移支付的8.96亿元基金预算上划为中央本级支出。
3.基金征缴不到位。铁路建设基金尚未将以合资形式建设和运营的铁路线纳入基金征收范围；南水北调工程基金欠缴58.24亿元。
（五）中央国有资本经营预算管理方面
1.国有资本经营预算范围不完整。至2011年底，4100户中央部门所属企业尚未纳入国有资本经营预算；42户中央金融类企业虽按其出资人分别向财政部、中投公司和人民银行上缴利润，但尚未实行国有资本经营预算管理。
2.现行国有资本经营收益收缴比例仍偏低。尽管2011年提高了中央企业国有资本经营收益收缴比例，但个别企业的收益上缴比例仍低于其上市公司的分红比例。
3.国有资本经营预算与公共财政预算功能定位不够清晰，在补助对象、支持投向上存在交叉重复。有些方面的专项支出，在财政部代编的国有资本经营预算、国资委分配的国有资本经营预算、公共财政预算中都分别安排了资金。
4.2011年，国有资本经营预算有603亿元年初未落实到具体项目，财政部拨付资金也主要集中在11月和12月，其中12月拨付327.42亿元（占当年预算的42%）。
（六）国库管理方面
1.部分国外无偿援助资金专用账户未按规定归口国库部门统一管理。截至2011年底，有9个专用账户仍由财政部国际司管理，当年收支分别为2.66亿元和1.36亿元。
2.国库集中支付相关操作不够完善。主要是对直接支付和授权支付的划分不够明确，加之向授权支付代理银行支付的手续费上不封顶，不利于控制费用，如财政部2011年将铁道部直接支付的部分支出调整为授权支付，导致多支付手续费1168万元。
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