1、丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联到主管税务机关（正常）认证，将专用发票抵扣联作为记账凭证，并用专用发票抵扣联复印件留存备查。开票方和税局无需特殊处理。
2、丢失抵扣联的处理：可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，将专用发票发票联作为记账凭证，专用发票发票联复印件留存备查。无需开票单位作任何处理，税局在认证时以发票联作为抵扣认证依据。
3、丢失发票联和抵扣联的处理：购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》；再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
4、丢失记账联的处理：一般来说，如果发票开出后尚未寄出，可(开票单位)将发票的发票联复印，作为记账凭证;若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
5、丢失全联次处理：一般是结合3和4的处理方式合并进行处理。
以上处理方式是当发票还没有认证的前提，如果发票已经认证，那么处理起来就不一样了。
1、丢失发票联的处理：使用专用发票抵扣联作记账凭证，使用专用发票抵扣联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
2、丢失抵扣联的处理：使用专用发票发票联复印件留存备查，其他无需作单独处理。
3、丢失发票联和抵扣联的处理：开票方需要复印发票复印件，并由开票方税局开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》；再由收票方主管税务机关审核同意后，才可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
4、丢失记账联的处理：一般来说，如果发票开出后尚未寄出，可（开票单位）将发票的发票联复印，作为记账凭证；若已寄出，则从金税卡中重新打印一次，作为记账凭证。无需税局和收票单位作任何处理。
5、丢失全联次处理：一般是结合3和4的处理方式合并进行处理。
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